BOINC – progetti di Medicina

rosetta elabora una proteinaComincio oggi una carrellata dei principali progetti BOINC attualmente attivi con cui vorrei dare l’idea della vastità dei campi di ricerca ai quali potete contribuire installando BOINC sul vostro computer.
Molti avranno sentito parlare del calcolo distribuito come “quello che cerca gli alieni”. Niente di più sbagliato!
(a parte che il progetto SETI non cerca gli alieni) i progetti BOINC sono ormai decine e stanno sempre più prendendo piede le applicazioni di ricerca medica che contribuiscono allo studio e alla comprensione di numerose malattie.

Ecco una breve presentazione dei principali progetti di medicina.

CELS
cels logoCels@home è un progetto di calcolo distribuito gestito dall’università del Texas di Austin.
Lo scopo della ricerca è lo studio delle interazioni che avvengono all’interno della matrice cellulare, una sostanza gelatinosa presente nelle cellule. Vengono studiate soprattutto le cellule tumorali per meglio comprendere l’evoluzione delle stesse nei diversi stadi della malattia.
Maggiori informazioni QUI

IBERCIVIS
ibercivis logoIbercivis è un contenitore di numerosi progetti seguito da una rete di varie università spagnole e sponsorizzato da autorità statali e locali. Uno dei progetti di calcolo distribuito di Ibercivis è Docking, un progetto di studio sull’interazione fra recettori e principi attivi medicinali. Lo scopo è quello di produrre medicinali più efficaci grazie alla migliore conoscenza dell’intervento di questi su proteine e acidi nucleici.
Il secondo progetto medico di Ibercivis è Protomol [attualmente in fase beta] che studia le interazioni fra atomi all’interno dei peptidi (catene di aminoacidi costituenti le proteine).
Maggiori informazioni QUI

MALARIA CONTROL
malariacontrol logoMalariacontrol punta a migliorare le nostre previsioni sull’evoluzione dell’infezione da malaria a livello geografico. Nei paesi con risorse economiche limitate, distribuire vaccini e reti antizanzare principalmente nelle zone cruciali è di importanza enorme.
I computer connessi a Malariacontrol, simuleranno migliaia di scenari tenendo conto di paremetri sociali e biologici tipici delle popolazioni in gioco.
Maggiori informazioni QUI

POEM
poem logoPoem@home è un progetto tedesco molto simile a Rosetta. Anche POEM cerca di prevedere il ripiegamento delle proteine allo scopo di migliorare la comprensione dei ricercatori in questo campo.
L’approccio scientifico che sta dietro a POEM@HOME è una realizzazione al computer dell’ipotesi termodinamica con cui C. B. Anfinsen ha vinto il premio Nobel per la chimica nel 1972.
Maggiori informazioni QUI

PS3grid / GPUgrid
ps3grid logoPS3/GPUgrid è un progetto medico dell’università di Barcellona il cui scopo è simulare la dinamica e il funzionamento delle proteine con la massima precisione possibile.
Il progetto girava inizialmente solo sui processori CELL della Playstation3. Più di recente, è divenuto possibile partecipare anche con un normale PC equipaggiato con le più moderne schede video nVidia, da qui il doppio nome PS3/GPUgrid.
Maggiori informazioni QUI

ROSETTA
rosetta logoRosetta@home è gestito dall’università di Washington e rappresenta uno dei progetti medici più seguiti dalla comunità BOINC. Il suo scopo è quello di prevedere la struttura tridimensionale delle proteine e le relazioni fra le proteine stesse.
Le proteine sono di grande importanza in campo medico, essendo i mattoni alla base di tutte le funzioni cellulari. Conoscerne (o prevederne) la struttura dà ai ricercatori la possibilità di capire a fondo il funzionamento di queste catene di aminoacidi e, in futuro, addirittura di modellare nuove proteine quando necessario.
Maggiori informazioni QUI

SIMAP
simap logoSimap è un progetto tedesco no-profit che cerca di costruire un enorme database pubblico di somiglianze proteiche. Questo consentirà ai ricercatori di confrontare le proteine sconosciute con quelle già conosciute e prevedere così il loro funzionamento proprio grazie alle possibili somiglianze.
Il progetto è attualmente “discontinuo” ossia (generalmente) rilascia lavoro solo per pochi giorni all’inizio di ogni mese per aggiornare il database con le ultime proteine scoperte.
Maggiori informazioni QUI

WORLD COMMUNITY GRID
wcg logoWCG è un progetto atipico. Si tratta infatti di un “contenitore” di progetti no-profit, orientati principalmente alla ricerca medica, ma non solo.
I progetti medici di WCG attualmente attivi sono:
Discovering Dengue Drugs: cerca medicinali efficaci per la cura della dengue, dell’epatite C, della febbre dell’Ovest Nilo e la febbre gialla
Help Conquer Cancer: mira a migliorare la cristallografia a raggi X per lo studio del cancro
Human Proteome Folding: studia la struttura delle proteine umane attraverso un uso innovativo del software Rosetta
FightAIDS@home: ricerca di molecole in grado di bloccare lo sviluppo del virus dell’HIV
Maggiori informazioni QUI

LINKS
Vai all’articolo cos’è Calcolo Distribuito
Vai alla categoria BOINC
Vai alla categoria Informatica
[sito esterno] BOINC.Italy il portale del più grande team italiano

Ducati 749

4 Responses to “BOINC – progetti di Medicina”

  1. Ciao Ducati!
    Mi piace molto l’idea di Boinc ma ho rinunciato a contribuire alla ricerca…
    Mi dispiace però il mio pc,va lento come un asino!!!o.O
    Te lo giuro!!!

    [edited]

  2. vedi, io partecipo con un computer forse più vecchio del tuo e infatti i ragazzi del team mi prendono spesso in giro per le prestazioni inverosimili del mio scassone…

    ma non è una valida scusa per rinunciare
    l’importante non è “quanto elabori”
    l’importante è farlo
    i primi in classifica non riceveranno certo un premio, partecipano solo per il gusto di farlo e perchè sono convinti di fare qualcosa di importante

    e poi esistono anche progetti adatti a pc vecchi come i nostri. ad esempio POEM (qui sopra) e SPINHENGE (un progetto di chimica).
    se uno (nel suo piccolo) vuole contribuire, un modo si trova..
    se non si vuole farlo è un altro discorso, ovviamente

  3. Io sono un po’ di anni che eseguo i calcoli di world community grid , la ricerca medica ha per me la priorita’.
    Il mio team ( http://www.worldcommunitygrid.org/reg/viewRegister.do?teamID=57J55G73S1 ) e’ all’undicesimo posto in classifica nazionale ,io personalmente sono al 23 ma non e’ questo lo scopo , mi fa piacere vedere i primi risultati concreti ottenuti con il primo progetto di folding , gli scienziati cominciano a pubblicare l’esito delle ricerche.
    Purtroppo , nel mio team , pur essendo una ventina , la meta’ del tempo di calcolo proviene da me solo…. non ho trovato molto interesse da parte della gente verso questo progetto , eppure , quando se ne ha il bisogno , si invoca sempre la cura miracolosa… ma se non si fa niente per aiutare la ricerca , anche quando non costa nulla e non prevede conoscenze specifiche……

    • ciao Dott. Ari
      il problema di cui parli è noto. io sono stato coinvolto in BOINC e la cosa mi ha appassionato tantissimo, però non siamo tutti uguali..
      per molti accendere il computer e piegare proteine non ha alcun senso e i risultati di cui parli sono per ora ben pochi, perlomeno quelli *concreti* e quindi non è scontato far capire a tutti l’importanza di una cosa come il calcolo distribuito.

      e poi noi stessi a volte solleviamo dei dubbi:
      – è vera ricerca quella che facciamo?
      oppure sono solo briciole per testare qualche algoritmo?

      per il numero di utenti … guarda noi
      siamo primi in classifica, abbiamo un sito internet dedicato e abbracciamo un sacco di progetti eppure gli Utenti Attivi si contano sulle dita di una mano…

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